Ingénieur(e) d'études - Inflammation pulmonaire

Marie-Louise Frémond, chercheuse dans le laboratoire du Pr Yanick Crow à l'Institut Imagine (Paris) recrute un(e) ingénieur(e) d’étude pour le projet SABLE. Ce projet étudie l'inflammation pulmonaire dans le SAVI et le syndrome COPA à l'aide de modèles cellulaires, notamment des cellules endothéliales et épithéliales pulmonaires dérivées de cellules iPS humaines.

https://www.institutimagine.org/fr/yanick-crow-180

Créé à l’initiative des chercheurs et médecins de l’Hôpital Necker, l’Institut des maladies génétiques Imagine (Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), INSERM U1163) développe des programmes scientifiques fondés sur une continuité entre recherche fondamentale, recherche clinique et soins innovants sur les maladies génétiques et les prédispositions génétiques aux maladies fréquentes, de l’enfance à l’âge adulte. Imagine est un institut internationalement reconnu qui assure une recherche de haute qualité en termes de formation pluridisciplinaire et de taux de publication.

Contexte scientifique :

Le laboratoire de neurogénétique et neuroinflammation dirigé par Yanick Crow identifie et étudie les bases moléculaires et cellulaires des interféronopathies de type I, des maladies génétiques caractérisées par une production chronique d’interférons de type I.

L’étude de ces maladies a montré que deux d’entre-elles, le SAVI (STING-associated vasculopathy with onset in infancy) et le syndrome COPA présentent une inflammation pulmonaire sévère responsable de fibrose et d’une mortalité élevée. De façon intéressante, le rôle de l'interféron de type I comme médiateur de l'inflammation pulmonaire a été récemment mis en évidence. Dans un travail supervisé par Marie-Louise Frémond, nous avons montré que la protéine COPA, qui est mutée dans le syndrome COPA, a un rôle dans le trafic de la protéine STING au sein du système Golgi – réticulum endoplasmique (Lepelley et al. J Exp Med 2020, PMID: 32725128). Ce lien mécanistique explique le chevauchement clinique et histologique observé entre le SAVI et le syndrome COPA (Frémond & Crow. J Clin Immunol 2021, PMID: 33532887). Cependant, les mécanismes de la fibrose induite par l’inflammation pulmonaire restent inconnus.

Au sein de l’équipe, Marie-Louise Frémond (PU-PH, HDR, Université Paris Cité) s’intéresse aux mécanismes de l’inflammation pulmonaire observée dans les interféronopathies de type I.

Missions :

L'ingénieur(e) d'étude participera au développement et à l'utilisation de modèles cellulaires pulmonaires pour étudier la réponse inflammatoire dans le SAVI et le syndrome COPA. Il/elle travaillera en particulier sur des modèles 2D dérivés d'iPSC humaines (déjà générées), différenciées en cellules endothéliales et épithéliales.

Activités principales :

• Culture et entretien de cellules primaires, de lignées cellulaires et d'iPSC humaines / Constitution et gestion des banques cellulaires ;

• Différenciation des iPSC en cellules pulmonaires, notamment endothéliales et épithéliales, en modèles 2D (organ-on-a-chip, co-cultures) ;

• Caractérisation des cellules différenciées et contrôle qualité des différenciations ;

• Stimulations et traitements cellulaires, y compris l'évaluation de molécules thérapeutiques ;

• Analyse de la réponse inflammatoire : expression de gènes (extraction d'ARN, RT-qPCR, préparation d'échantillons pour RNAseq bulk), expression protéique (western blot, ELISA, cytométrie en flux) et immunofluorescence et microscopie confocale ;

• Mise au point et optimisation de protocoles.

Activités associées :

• Analyse, mise en forme et présentation des résultats en réunion d'équipe ;

• Rédaction et mise à jour des protocoles ;

• Participation aux tâches communes du laboratoire (par exemple : commandes, gestion des stocks, entretien des équipements) ;

• Respect des règles d'éthique, d'hygiène et de sécurité de l'Institut Imagine.

Marie-Louise Frémond, a researcher in Pr Yanick Crow's laboratory at the Institut Imagine (Paris), is recruiting a research engineer for the SABLE project. The project studies lung inflammation in SAVI and COPA syndrome using cellular models, in particular endothelial and epithelial lung cells derived from human iPSCs.

The Institut Imagine (IHU, ‘Institut Hospitalo-Universitaire’, INSERM U1163) is a recent research structure located within Necker Children’s Hospital (Paris). Its research labs are focused on understanding the molecular mechanisms of genetic diseases that affect the adaptive and innate immune systems, the nervous system, stem cell differentiation, kidney physiology, metabolism, etc. The Institut Imagine offers a unique environment in which clinical and basic science synergize to produce astonishing contributions in areas as diverse as immunology, molecular genetics, cell biology, and clinical and translational research. Imagine is internationally recognized ensuring high-quality, well-published, multi-disciplinary research.

Scientific context:

The laboratory of Neurogenetics and Neuroinflammation led by Yanick Crow identifies and study the molecular and cellular basis of type I interferonopathies, genetic diseases characterised by chronic upregulation of type I interferon signalling.

https://www.institutimagine.org/en/yanick-crow-180

The study of these diseases has shown that two of them, SAVI (STING-associated vasculopathy with onset in infancy) and COPA syndrome, present severe pulmonary inflammation responsible for fibrosis and high mortality. Interestingly, attention has been recently drawn to the potential of type I interferon to mediate lung inflammation. In a study supervised by Marie-Louise Frémond, we showed that the COPA protein, which is mutated in COPA syndrome, has a role in STING protein trafficking within the Golgi - endoplasmic reticulum system (Lepelley et al. J Exp Med 2020, PMID: 32725128). This mechanistic link explains the clinical and histological overlap observed between SAVI and COPA syndrome (Frémond & Crow. J Clin Immunol 2021, PMID: 33532887). However, the mechanisms of the pulmonary inflammation-induced fibrosis remain unknown.

In the laboratory, Marie-Louise Frémond (Full Professor, Université Paris Cité) focuses on the mechanisms of pulmonary inflammation observed in type I interferonopathies.

Mission:

The research engineer will help develop and use lung cellular models to study the inflammatory response in SAVI and COPA syndrome. He/she will work in particular on 2D models derived from human iPSCs (already generated), differentiated into endothelial and epithelial cells.

Main activities:

• Culture and maintenance of primary cells, cell lines and human iPSCs / Cell bank management;

• Differentiation of iPSCs into lung cells, in particular endothelial and epithelial cells, in 2D models (organ-on-a-chip models, co-cultures);

• Characterisation and quality control of differentiated cells;

• Cell stimulation and treatment assays, including testing of therapeutic compounds;

• Analysis of the inflammatory response: gene expression (RNA extraction, RT-qPCR, sample preparation for bulk and RNAseq), protein expression (western blot, ELISA, flow cytometry) and immunofluorescence and confocal microscopy.

• Optimisation and development of protocols.

Associated activities:

• Analysing, formatting and presenting results at team meetings ;

• Writing and updating protocols ;

• Support for common laboratory tasks (e.g. ordering, stock management, equipment maintenance) ;

• Compliance with the ethical, health and safety rules of the Institut Imagine.